دفتر آیت‌الله شیخ یوسف صانعی با تأیید خبر درگذشت این مرجع تقلید و از یاران و معتمدان رهبری فقید انقلاب اعلام کرده است «به خاطر کرونا هیچ‌گونه مراسمی اعم از تشییع و ترحیم برگزار نمی‌شود».هر قدر درگذشت مرجع نواندیش برای دوستداران و مقلدان او تأسف‌آور باشد این خبر که از تشییع و ترحیم خبری نیست برای مقاماتی چون حسن روحانی رییس جمهوری که معمولاً در سفر به قم به دیدار آقای صانعی نمی‌رفت یا پیشاپیش عذرمی‌خواست یا وقتی می‌رفت که او در قم نباشد یا بهانه کمبود وقت را می‌آوردند، نگرانی از قضاوت را رفع می‌کند.
هر چند فقیه فقید، از چهره‌های مورد وثوق امام خمینی بود، چندان که در ترکیب اولین شورای نگهبان و در اسفند ۱۳۵۸ به عنوان یکی از فقها منصوب شد و سه سال بعد در ۱۹ دی ۱۳۶۱ هم انتصاب او به عنوان «دادستان کل کشور» نشان از جایگاه فقهی و سیاسی او نزد امام داشت اما از دهه ۷۰ اندک‌اندک از ساختار سیاسی فاصله گرفت و مهم‌تر این که در برخی آرای فقهی خود نیز تجدید‌نظر کرد تا جایی که متهم به صدور فتواهای «شاذّ» شد. (به معنی نادر و کمیاب).
آیت‌الله صانعی البته در حیات امام و در خرداد ۱۳۶۴ از دادستانی کل کشور استعفا کرده و موسوی خویینی‌ها به جای او دادستان کل کشور شده بود.هر چند آرا و فتواهای متفاوت این مرجع تقلید به نسبت مراجع سنتی به مذاق برخی خصوصاً جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و شخص رییس آن- آیت‌الله شیخ محمد یزدی- خوش نمی‌آمد اما آقای صانعی در زمره نخستین فقیهان برجسته‌ای بود که در تأیید اجتهاد و لزوم حمایت از رهبری آیت‌الله خامنه‌ای در سال ۱۳۶۸ سخن گفته بود.به عبارت دیگر شاید بتوان گفت اختلاف فقهای سنتی یا صاحب‌منصب حکومتی با آقای صانعی تا سال ۸۸ به دلایل سیاسی نبود. بلکه به سبب دیدگاه‌های فقهی و پاره‌ای آرای نواندیشانه درباره دختران و زنان بود اما از ۸۸ به بعد و حمایت آشکار او از میرحسین موسوی و مهدی کروبی صبغه سیاسی گرفت.
کار به جایی رسید که پس از درگذشت آیت‌الله منتظری و چون رجوع مقلدان مرجع فقید به آقای صانعی امری محتمل بود، در دی ماه ۱۳۸۸ و درگرماگرم التهابات آن سال، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، بدون اشاره به این احتمال، آیت‌الله یوسف صانعی را فاقد ملاک‌های لازم برای تصدی مرجعیت، اعلام کرد و در اطلاعیه‌ای آورد:«با توجه به پرسش‌های مکرر مؤمنان، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، بر اساس تحقیقات به عمل آمده در یک سال گذشته و پس از جلسات متعدد به این نتیجه رسیده است که ایشان فاقد ملاک‌های لازم برای تصدی مرجعیت می‌باشد.»شیخ محمد یزدی -رییس این تشکل - البته طبق معمول از موضع جامعه مدرسین فراتر رفت و گفت: «برخی آرای فقهی آقای صانعی بدعت و خلاف قرآن است.»
به نظر می رسد بیشترین حساسیت در قبال آرای صانعی درباره زنان و مثلا حداقل سن ۱۳ سال برای ازدواج دختران بود یا این که نیاز به اذن پدر برای ازدواج دختر برای این بوده که دختر اغفال نشود نه این که مثلا خانم پزشک متخصص و شهره به عقلانیت هم با ۳۵ سال سن نیاز به جلب نظر موافق پدر خود داشته باشد. (منظور غایی را در نظر داشت نه ظاهر را).تلقی «خلع» از اطلاعیه جامعه مدرسین و احتمال تکرار رفتاری که با آیت‌الله سید کاظم شریعتمداری، انتقاداتی را متوجه آقای یزدی کرد که هم به لحاظ سیاسی و هم فقهی در مرتبه فروتری نسبت به صانعی قرار داشت.چرا که زودتر از او عضو فقهای شورای نگهبان و زودتر از او واجد مقام عالی قضایی شده و از حیث سیاسی نیز اعتماد امام و تأیید اجتهاد و تسلط فقهی او به مراتب بیش از انکار کننده صلاحیت بود. از این رو آقای یزدی در مقام توضیح یادآور شد:«بنده برای اعلام رسمی عبارتی را به کار بردم. اولا نباید در این موضوع کلمه "خلع" و مقایسه آن با جریان منتظری و شریعتمداری و امثال اینها درج شود و ثانیا مسأله فقط صلاحیت مرجعیت است و بقیه مسایل ربطی به جامعه مدرسین ندارد.»
کافی است این لحن با آنچه درباره مرجعی در اندازه و آوازه آیت‌الله شبیری زنجانی به کار برد و این مرجع را از اظهار نظر سیاسی برحذر داشت، مقایسه شود تا بدانیم آقای صانعی از حیث فقهی و سیاسی چه مرتبه بالایی داشته که حتی آقای یزدی که به عصبانیت و بی ملاحظگی در این موارد شهرت دارد مراعات کرد.اطلاعیه جامعه مدرسین البته تأثیری در رجوع مقلدان آیت‌الله منتظری به ایشان و جذب مقلدین جدید نداشت و اتفاقا عده‌ای به دنبال شناخت مرجعی متفاوت با مراجع مورد نظر جامعه مدرسین بودند و سواد فقهی، ساده‌زیستی فوق‌العاده و قدرت بیان و استدلال او در این جاذبه یاری می‌رساند.
برای این که بدانیم شهامت آقای صانعی در تجدید نظر در برخی از آرای خود یا ارایه نظر متفاوت با فضای غالب و تغییر نگاه او تا چه حد بوده ذکر یک نمونه که با خاطره شخصی این نویسنده هم آمیخته کفایت می‌کند.
دیدگاه‌های آیت‌الله صانعی به مرور زمان دچار تحول کیفی شد اما نه آن‌گونه که دیگران بتوانند او را متهم کنند از اصول فقهی خارج شده و نهایت این بود که تعبیر «شاذ» را درباره این آرا به کار می‌بردند و آن قدر مدرن و متفاوت شده بود که این اواخر اعلام کرد از ۴ نوع مجازات (حدود، دیات، قضاص و تعزیرات) می‌توان سه فقره اول را محدود به عصر غیبت دانست ودر حال حاضر تنها تعزیرات را به اجرا درآورد که در مجلس باید بررسی و تصویب شود.
فتوای او درباره پارازیت هم جالب بود: «تصرف در هوا و فضای منزل مردم ولو به واسطه ارسال پارازیت که تعدی به سلطه مالکانه و حقوق شخصی مردم محسوب می شود، شرعاً جایز نیست و حرام می‌باشد چه رسد به این که عواقب خطرناک ذکر شده در سؤال و ضرر زدن به انسان‌ها و صاحبان فضا در آن باشد و حرمت و معصیت کبیره بودن آن برای ارسال‌کننده پارازیت جای شک و شبهه ندارد و موجب ضمان است.»
او برخلاف فضای غالب بر حوزه‌ها ذهن ریاضی داشت و به جای تکرار محفوظات، استدلال می‌کرد و اهل مباحثه و برهان‌آوری بود. مخالفین تمامیت جمهوری اسلامی قطعاً به مواضع او در دهه ۶۰ اشاره می‌کنند و او را در خوب و بد اتفاقات خاصه در عرصه قضایی و تصمیمات محدود کننده شریک می‌دانند. چرا که سه سال و نیم دادستان کل کشور بوده است. حامیان او هم نظرات فقهی و مواضع سیاسی او خصوصا از ۸۸ به بعد را پررنگ می‌‌بینند و یادآور می‌شوند و بر سیر و صیرورت فکری او تأکید می‌ورزند. اما بعید است منتقدان نیز سواد فقهی و تلاش او را برای به روز شدن و دفاع از حقوق زنان و اثبات این که می توان از درون فقه، دیدگاه های نو را استخراج کرد انکار کنند خاصه زندگی بسیار ساده در عین برخورداری از وجوهات و امکاناتی که در اختیار داشت و این که زاده روستای نیک‌آباد اصفهان، تا پایان عمر حال و هوای روستایی را کنار نگذاشت. احساسات خود را نیز بروز می‌داد و با شأنیّتِ مرجعیّت مغایر نمی‌دید تا جایی که در سوگ همسر و یار خود، های‌های می‌گریست و بر سینه می‌کوفت.