در واقع برای محاسبه میزان مالیات حقوق کارگران بایستی مبلغ مزایای رفاهی و انگیزشی از حقوق دریافتی کارگر کسر شده و باقی مبلغ با رعایت سقف معافیت مالیات بر حقوق، مشمول پرداخت مالیات شود.
سید محمدهادی سبحانیان، رئیس‌کل سازمان امور مالیاتی کشور با صدور این بخشنامه، اعلام کرد که ادارات کل امور مالیاتی کشور با رعایت مفاد این قانون، مکلف به استرداد اضافه دریافتی بابت مالیات بر درآمد حقوق هستند.مطابق این بخشنامه، حقوق‌بگیران می‌بایست برای استرداد اضافه پرداختی بابت مالیات بر درآمد موضوع ماده ۸۷ قانون مالیات‌های مستقیم درخواست خود را به اداره امور مالیاتی محل سکونت خود ارائه کنند.با این حال، این بخشنامه اجرا نشد، پس از نامه‌ی رعنایی، معاون سازمان امور مالیاتی، اصلاح نشدن سامانه‌های سازمان امور مالیاتی به همراه عدم تغییر مکانیسم اخذ مالیات از مزدبگیران که همچنان همه دریافتی شامل مزایای رفاهی و انگیزشی در نرم‌افراز مالیاتی قرار گرفته و مشمول مالیات می‌شود، به ابهامات دامن زد.
و جالب اینجاست که تکذیبیه و توضیحات سازمان امور مالیاتی نیز چیزی را روشن نکرد؛ در این تکذیبیه فقط روی سقف معافیت مالیاتی و برقراری این سقف تاکید شده و حرفی از معافیت مالیاتی مزایای رفاهی و امکان استرداد آن نیست.
«آرمین خوشوقتی» کارشناس حقوقی در این رابطه می‌گوید: علی‌القاعده باید بخشنامه رئیس سازمان امور مالیاتی قابل اجرا باشد اما هنوز به درخواست‌های استرداد مالیات اضافی پاسخ نداده‌اند، سامانه‌ها و نرم‌افزارها اصلاح نشده و نمی‌دانیم آیا واقعاً قصد پایبندی به آرای دیوان عدالت را در عمل دارند یا خیر.
در هر حال، سامانه‌های سازمان امور مالیاتی در شرایطی که از پاییز امسال، مالیات به صورت الکترونیک توسط این سازمان اخذ می‌شود، تغییری نکرده و به نظر می‌رسد دولت برای جبران کسری بودجه شدید در شرایط تحریمی، هیچ راهی سرراست‌تر و سهل‌الوصول‌تر از جیب مزدبگیران نیافته.وقتی هزینه‌های زندگی حداقل ۵۰ میلیون تومان است، کارگر، کارمند و پرستار با ۱۵ یا ۲۰ میلیون حقوق ماهانه که زندگی‌اش نمی‌چرخد و در سربالایی‌ها لنگ می‌زند، چرا باید مالیات بدهد؟
دست کارگر و کارمند لای درِ سازمان امور مالیاتی‌ست و راه به جایی ندارند؛ مدیران دولت هم اختیار کامل دارند، از حقوق و مزایای زیر خط فقر به عنوان مالیات برمی‌دارند و به خزانه خالی سرازیر می‌کنند.