با آغاز جنگ ۱۲ روزه بین ایران و اسرائیل در بامداد ۲۳ خرداد ۱۴۰۴ و افزایش خطرات امنیتی، بسیاری از شرکت‌های هواپیمایی خارجی به‌سرعت پرواز‌های عبوری خود از آسمان ایران را لغو کردند. در همین حال، با شروع جنگ، سازمان هواپیمایی فدرال آمریکا (FAA)، یاتا (IATA) و چند کشور اروپایی هشدار رسمی صادر کردند و مسیر پروازها به سمت جنوب خلیج‌فارس، آسیای مرکزی و شرق آفریقا تغییر یافت؛ به‌طوری‌که مسیرهای پروازی به جای مسیرهای قبلی، از آسمان ترکیه، ترکمنستان یا عربستان سعودی عبور می‌کنند.این در حالی است که طبق آمار‌های رسمی، روزانه حدود ۹۵۰ پرواز عبوری از آسمان ایران ثبت می‌شد که درآمد مستقیم هر پرواز بین ۵۰۰ تا ۹۰۰ دلار برای دولت ایران بود، حتی با فرض توقف ۸۰درصد پرواز‌ها طی ۲۰ روز نخست (۱۲روز جنگ و ۸ روز پس از آن): میانگین زیان روزانه به رقمی حدود ۶۰۰هزار دلار رسیده است و زیان تقریبی در یک دوره ۲۰ روزه نیز به رقمی حدود ۱۲میلیون دلار می‌رسد.حال تصور کنید اگر ۱۰۰ درصد پرواز‌ها کنسل شود و با میانگین رقم کنسلی یعنی ۷۰۰ دلار فقط محاسبه شود؛ به رقمی حدود ۶۶۵ هزار دلار می‌رسیم که این رقم در ۲۰ روز به رقمی حدود ۱۴ میلیون دلار خواهد رسید و این در حالی است که پرواز‌ها به صورت میانگین حساب شده نه بالاترین رقم برای هر پرواز که حدود ۱۰۰۰ دلار است، همچنین با تداوم وضعیت در تیر ماه نیز برآورد شده که دست‌کم ۳۰ درصد از پرواز‌های عبوری هنوز بازنگشته‌اند که زیان را به بیش از ۲۰ میلیون دلار در کمتر از دو ماه می‌رساند.در کنار زیان مالی مستقیم، کاهش عبور پرواز‌ها ضربه مهمی به اعتبار امنیت هوایی ایران وارد کرده که بازیابی آن نیاز به مذاکرات گسترده با آژانس‌های بین‌المللی، سرمایه‌گذاری در زیرساخت‌ها و تضمین‌های امنیتی جدی دارد.
بر اساس گزارش‌ها، تعلیق کامل پرواز‌های تجاری بر فراز ایران از ۲۴خرداد تا ۱۳ تیر ۱۴۰۴ که به مدت ۲۰ روز به طول انجامید، خسارتی بالغ بر ۹۶۰۰ میلیارد تومان به اقتصاد کشور تحمیل کرده و ضعف‌های ساختاری در دو صنعت کلیدی هوانوردی و گردشگری را آشکار ساخته است، همچنین بر اساس یک گزارش تحلیلی، این وقفه بی‌سابقه که منجر به توقف کامل درآمد‌های حاصل از فروش بلیت و خدمات فرودگاهی شد، روزانه ۴۸۰میلیارد تومان ضرر مستقیم به صنعت هوایی وارد کرد.