در نامه علی مطهری خطاب به آیت‌اله محمد یزدی، آمده است: با اهداء سلام، در خصوص نامه جناب‌عالی به آیت‌اله شبیری زنجانی، مرجع تقلید، چند نکته قابل ذکر است: ۱. در این نامه جناب آقای سید محمد خاتمی و همفکران ایشان را افراد مسئله‌دار که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام رهبری احترامی قائل نیستند معرفی کرده‌اید و ملاقات با آنها را امری قبیح و موجب ناراحتی و تعجب مقلدین و حوزویان دانسته‌اید. همه اینها نیاز به اثبات دارد. مسئله‌دار کسانی هستند که در سال ۸۸ تحت این عنوان که مقام رهبری از یک کاندیدای خاص حمایت می‌کند انتخابات را از حالت طبیعی خارج کردند و حق اعتراض معترضان را نیز به رسمیت نشناختند و آنها را برانداز نامیدند و شد آنچه که نباید می‌شد. در واقع چنین افرادی برای نظام جمهوری اسلامی و مقام رهبری احترامی قائل نشدند. فرضاً بپذیریم جناب آقای خاتمی و همفکرانشان افرادی مسئله‌دار هستند که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام رهبری احترامی قائل نیستند، قباحت ملاقات یک مرجع تقلید با آنها را از کجا درآورده‌اید؟ اگر مسئله‌دار هستند آیا نباید مسئله آنها حل شود؟ مراجع تقلید به مثابه چتری بر سر همه مردم و گروه‌ها هستند نه عناصری حزبی و جناحی. ثالثاً ناراحتی و تعجب اکثر مقلدین و حوزویان از این ملاقات را از کجا به دست آوردید؟
۲. خطاب به آیت‌اله شبیری گفته‌اید مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شأن مرجعیت است. به عرض می‌رساند مقام و احترام یک مرجع تقلید صرفاً در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم نیست، بلکه بیشتر بستگی دارد به رفتار او در مقابل آن نظام که کارهای درست آن را تأیید کند و از کارهای نادرست آن انتقاد و از حقوق مردم دفاع کند. اساساً احترام هرکس تابعی از احترام و پایبندی او به حق و عدالت است. این تفکر شما ناشی از این فکر غلط است که نظام را معصوم می‌دانید. علاوه بر این، مسئله طرفینی است، یعنی همان طور که مقام و احترام یک مرجع تقلید در سایه احترام او به نظام اسلامی حاکم است، احترام نظام اسلامی نیز در سایه احترام آن به مرجعیت است. مسئله استقلال روحانیت و حوزه علمیه و مراجع تقلید از دولت‌ها و حکومت‌ها، مسئله‌ای است که سابقه طولانی در تاریخ تشیع دارد و به شدت مورد تأکید امام خمینی(ره) و شهید آیت‌اله مطهری حتی برای دوره جمهوری اسلامی بوده است. از نظر شهید مطهری روحانیت شیعه از نظر روحی متکی به خدا و از نظر اجتماعی متکی به مردم است و همیشه از دولت‌ها جدا و در کنار مردم بوده است. این ویژگی حتی در جمهوری اسلامی نیز باید رعایت شود و روحانیت نباید دولتی و حکومتی شود. اصل ولایت فقیه در نگاه امام(ره) و شهید مطهری و مقام رهبری به این معنی نیست که سایر مراجع نادیده گرفته و احیاناً سرکوب شوند. به یاد دارم چند ماه قبل از پیروزی انقلاب اسلامی در مجلسی در قم فردی فریاد زد برای سلامتی یگانه مرجع عالم تشیع حضرت آیت‌اله العظمی امام خمینی صلوات. پدرم ناراحت شد و آن فرد را صدا زد و به او گفت این چه جمله‌ای بود که گفتی؟! ما غیر از امام مراجع دیگری هم داریم. همین طور می‌دانید که ایشان در کتاب نهضت‌های اسلامی از مراجع ثلاث آن روز و نقش آنها در پیشبرد نهضت در کنار امام خمینی(ره) به نیکی یاد می‌کنند؛ همه برای این که نهاد روحانیت اصالت دارد و باید حفظ شود نه فقط ولی‌فقیه. ۳. در پایان نامه خطاب به آیت‌اله شبیری فرموده‌اید لازم است شؤون مرجعیت را رعایت فرموده و‌ترتیبی اتخاذ فرمایید این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد. اولاً خود شما با این جمله تهدیدآمیز شأن مرجعیت را رعایت کرده‌اید یا نه؟ ثانیاً چه کسی گفته ملاقات یک مرجع تقلید با افراد سابقه‌دار در انقلاب که احیاناً انتقاداتی نیز دارند خلاف شؤون مرجعیت است. آیا شؤون مرجعیت را جناب‌عالی بهتر از خود مراجع تشخیص می‌دهید؟ مگر مردم باید با اجازه شما به ملاقات این و آن بروند؟! ثالثاً این جمله را که به این مرجع عالیقدر دستور می‌دهید این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد از چه موضعی می‌فرمایید. این جمله را فقط امام زمان علیه‌السلام می‌تواند به یک مرجع تقلید بگوید. در مجموع، نامه شما موجب وهن روحانیت و حوزه علمیه شد. امیدوارم به نحوی جبران بفرمایید.
علما برای یکدیگر تعیین تکلیف نمی‌کنند
در پی انتشار تصاویری از دیدار اخیر آیت‌اله العظمی شبیری زنجانی با سیدمحمدخاتمی و تنی چند از اصلاح‌طلبان در فضای مجازی؛ آیت‌اله محمد یزدی طی نامه‌ای خطاب به ایشان ضمن انتقاد از این دیدار، خواستار رعایت شئون مرجعیت و احترام نظام اسلامی حاکم شد. وی همچنین در انتهای نامه سرگشاده خود برای آیت‌اله العظمی شبیری زنجانی نوشته است: ترتیبی اتخاذ فرمایید این گونه مسائل دیگر تکرار نشود!
در همین رابطه، یک مدرس حوزه علمیه قم با بیان اینکه کسانی که در حد مرجعیت نیستند چگونه می‌توانند برای یک مرجع‌تقلید که از نظر علمی و فقهی در رتبه‌ای بالاتر قرار دارد، این‌گونه تعیین تکلیف کنند؟ معتقد است که نوشتن این نامه با چنین لحن و روشی صحیح نبود. آیت‌اله محسن غرویان، با اشاره به نامه سرگشاده آیت‌اله محمد یزدی گفت: به نظر من انتساب این نامه و محتوای آن به آیت‌اله یزدی اندکی قابل تأمل است، اما اگر خود وی آن را تایید کند دیگر جای بحثی نیست. نکته دیگر که باید به آن اشاره کرد، این است که در تاریخ حوزه‌های علمیه، مراجع و مرجعیت در یک مقام و مرتبه‌ای بودند که اجتهاد آزاد داشتند و این چنین نبوده که شخص دیگری بخواهد برای یک مجتهد آن‌هم در حد مرجع تعیین تکلیف کند. وی افزود: مراجع در اظهارنظرهای فقهی و موضع گیری‌هایی که داشتند، آزاد بودند و این از افتخارات حوزه‌های علمیه و مرجعیت شیعه است که حوزه‌های علمیه، محل تبادل آزاد فکری و اظهار نظر اجتهادی بوده است. اما این جای شگفتی دارد که کسی بخواهد برای یک مرجع تقلید تعیین تکلیف کند و این مسأله بسیار عجیبی است. کسانی که در حد مرجعیت نیستند چگونه می‌توانند برای یک مرجع‌تقلید در رتبه‌ای بالاتر تعیین تکلیف کنند؟ این مدرس حوزه علمیه قم گفت: مردم توقع ندارند که این‌گونه اختلاف‌نظرها بین علما به شکل آشکار و علنی مطرح شود. اگر آیت‌اله یزدی نظری داشتند باید به شکل محرمانه به حضور مرجعیت آیت‌اله زنجانی ارسال می‌کردند. ولی این نوع شیوه مطرح‌کردن نظر جای تعجب دارد. به نظر من صلاح نبود که این نامه با چنین لحنی و به صورت سرگشاده نوشته شود. وی بیان کرد: سئوالی هم که برای بسیاری از فضلا، اساتید، طلاب و عموم مردم مطرح می‌شود این است؛ کسانی که در حد مرجعیت نیستند چگونه می‌توانند برای یک مرجع‌تقلید که از نظر علمی و فقهی در رتبه‌ای بالاتر قرار دارد، این‌گونه تعیین تکلیف کنند؟ آیت‌اله غرویان گفت: با اینکه رقابت‌های ناسالم جناحی در میان برخی از حوزویان هم وجود دارد، ولی آیت‌اله شبیری زنجانی در میان حوزویان از شخصیت‌هایی هستند که چهره ایشان بیشتر فقاهتی است و بیشتر پژوهش و تحقیق در کارنامه آیت‌اله شبیری زنجانی می‌درخشد. این مدرس حوزه علمیه قم گفت: مراجع هیچ‌گاه برای همدیگر تکلیف تعیین نمی‌کنند و هر مرجعی روی مبانی فقهی و اصولی خود اجتهاد می‌کند، تصمیمی می‌گیرد و موضع اتخاذ می‌کند. این استاد فلسفه اسلامی در پاسخ به این سئوال که آیا مراجع باید در دیدارها و پذیرش افراد به بیوت خود محدودیت داشته باشند، گفت: سیره علما و مراجع گذشته این نبوده و حوزه‌های علمیه همواره مهد اجتهاد و آزادی نظر بوده‌اند.