علی مطهری درباره اعتراضات اخیر می‌گوید: اعتراضات حاضر چند بُعدی و ریشه اصلی آن وضع بد اقتصادی ومعیشتی مردم است، ولی افرادی هم دنبال هدف‌های دیگری هستند، مثل کسانی که به دنبال فرهنگ غربی یا تغییر نظام هستند یا به این دلیل که از ابتدا با جمهوری اسلامی مخالف بوده‌اند و یا به این دلیل که می‌گویند این نظام اصلاح‌پذیر نیست، یعنی ممکن است ضد انقلاب نباشند، ولی نظام را اصلاح‌پذیر نمی‌دانند. گاه افرادی در خیابان به ما مراجعه می‌کنند؛ وقتی به آن‌ها می‌گوییم ان‌شاالله با انجام اصلاحاتی درست می‌شود، می‌گویند بعد از ۴۳ سال اصلاح‌پذیر نیست و دیگر فایده‌ای ندارد؛ بنابراین از نظر من معترضان سه دسته‌اند:۱- اکثر آن‌ها اعتراضات اقتصادی دارند۲-عده کمتری خواسته‌های فرهنگی دارند و ۳- عده‌ای دیگر دنبال براندازی هستند.مرگ خانم مهسا امینی خیلی جانسوز بود و متاسفانه مسئولان مربوط در نیروی انتظامی و وزارت کشور عکس‌العمل خوبی نشان ندادند. اگر همان اول اعلام می‌کردند که اگرچه ضرب و شتمی نبوده، ولی ایشان در زیرمجموعه ما فوت شده و ما مسئول هستیم و عذرخواهی می‌کردند شدت اعتراضات خیلی کمتر می‌شد، البته انصافا اگر مردم هیچ اعتراضی نمی‌کردند، آن موقع باید ناراحت می‌شدیم که چرا در مقابل چنین حادثه‌ای که عواطف انسانی افراد جریحه دار شده کسی اعتراض نکرده است. اگر این اتفاق می‌افتاد، بد بود. در واقع نفس اعتراضات کار درست و ستایش برانگیزی بود، منتها مخالفان نظام و ضد انقلاب سوار بر کار شدند و هدایت و رهبری حرکت را به دست گرفتند. وگرنه سال‌ها پیش شبیه این ماجرا، داستان ستار بهشتی را داشتیم که نیروی انتظامی قبول کرد که او در اثر ضرب و شتم از دنیا رفته است.
 مطهری با بیان اینکه برداشتن ارز ۴۲۰۰ تومانی، شتاب گرانی‌ها، به نتیجه نرسیدن برجام و بلاتکلیفی دولت برای ساماندهی به سفره مردم، چرخه اعتراضات را تند تر کرد ، افزود: فشار اقتصادی شدید نزدیک به یک سال گذشته، تاثیر زیادی در اعتراضات داشته حذف ارز ۴۲۰۰ تومانی قیمت‌ها را به شدت افزایش داد. بنا بود تنها چهار قلم کالا گران شود، ولی در عمل شوک تورمی به مردم وارد شد. مردم تحمل کردند و اعتراضی نکردند، ولی چون افق روشن و امیدی در مقابل آن‌ها وجود نداشت، عاصی شدند. به نظر من اگر مسئله برجام و FATF را حل می‌کردند، در یک شرایط طبیعی اقتصادی قرار می‌گرفتیم و چنین فشاری به مردم وارد نمی‌شد؛ بنابراین عامل اصلی، فشار‌های اقتصادی و فقدان امید به آینده بوده و مسائل فرهنگی و براندازی در درجات دوم و سوم قرار دارد. غیر از فشار‌های اقتصادی، احساس عدم مشارکت در مسائل حیاتی کشور و سرنوشت خود نیز در اعتراضات اخیر مؤثر بوده است. تا قبل از انتخابات مجلس یازدهم و انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۴۰۰ امید به انتخابات آزاد وجود داشت، ولی بعد از آن این امید از بین رفت. مردم احساس کردند، نمی‌توانند تغییر و تحولی ایجاد کنند؛ به ویژه مشارکت پایین ۴۸ درصدی در انتخابات ۱۴۰۰ به فال نیک گرفته و مطلوب تلقی شد در حالی که با احتساب آرای باطله حدود ۶ میلیون رأی، مشارکت ۴۲ درصدی خیلی برای جمهوری اسلامی و نظامی که گاهی تا ۸۵درصد در انتخابات‌اش شرکت می‌کردند بد بود. وی درباره نقش مجلس در بحران‌ها می‌گوید: اولا مجلس نباید اجازه دهد نهاد‌های دیگر قانون‌گذاری کنند. این در حالی است که شورای عالی انقلاب فرهنگی الان قانون‌گذاری می‌کند. قانون حجاب را شورای عالی انقلاب فرهنگی مصوب کرد. یا قانون درباره نوع برخورد با بهائی‌ها توسط شورای عالی انقلاب فرهنگی تصویب شد که بر اساس آن بهایی‌ها از ادامه تحصیل در دانشگاه‌ها و کسب و کار محروم می‌شوند. مشکل دیگر این است که به طور کلی مجالس ما (نه فقط مجلس یازدهم) استقلال کافی ندارند؛ گاهی اعلام می‌کنند مجلس مسئول اجرای منویات مقام رهبری است و این یعنی مجلس نباید از خودش نظری بدهد؛ این اصلا خوب نیست. اگر مجلس استقلال لازم را داشت و در داستان خانم مهسا امینی بلافاصله وزیر کشور را استیضاح و حتی او را برکنار می‌کرد، چون بالاخره این حادثه در زیرمجموعه ایشان رخ داده و عذرخواهی هم نکردند و استعفا هم ندادند، در این صورت شاید ۵۰ درصد اعتراضات کم می‌شد و مردم احساس می‌کردند جایی برای رسیدگی وجود دارد. مطهری درباره علت برخی تندروی‌ها عنوان کرد: علت برخی از تند روی‌ها کمتر از روی عقیده است و بیشتر به خاطر ملاحظات شخصی است. خیلی‌ها هم کاسه‌های داغ‌تر از آش هستند و افراط می‌کنند. مثلاً رهبری می‌گویند ممکن است کسی از من انتقادی داشته باشد، باید آزاد باشد و بتواند حرفش را بزند، ولی یک عده تحمل چنین چیزی را ندارند. برای مثال اگر در دانشگاه دانشجویی حرفی زده باشد به کمیته انضباطی می‌رود در صورتی که این موضوع خلاف نظر رهبر است. وی با بیان اینکه استمرار شرایط کنونی و آینده نامطلوب برای ایران رقم خواهد زد،   می‌گوید: اگر بنا باشد همین رویه ادامه پیدا کند و اگر بنا باشد انتخابات‌های آینده مانند انتخابات‌های قبلی باشد، حتما آینده خوبی نخواهیم داشت. اگر مجلس نقش واقعی خودش را پیدا نکند به طور قطع آینده خوبی نداریم. برای مثال، در زمینه روابط خارجی، نمی‌شود چند نفر تصمیم بگیرند که روابط خارجی به شرق گرایش پیدا کند، یا حتی به نوعی در جنگ اوکراین هم شرکت کنیم؛ در صورتی که اکثریت مردم موافق نیستند. در جایی نیاز به رفراندوم است، رفراندوم بگذارند. برای مثال درباره برجام. مردم باید احساس کنند نقشی دارند. الان از بالا تحمیل می‌شود و مردم هم نگاه می‌کنند. در حالی که مردم راضی نیستند وارد جنگ اوکراین بشویم به نوعی وارد می‌شویم. برای چه وارد شدید؟ باید به مردم جواب دهید. به خاطر همین است که مردم احساس می‌کنند به حساب نمی‌آیند.